Penjaminan mutu dilaksanakan secara berjenjang mulai dari tingkat universitas, fakultas, dan adalah tingkat prodi. Seluruh kegiatan penjaminan mutu dilaksanakan berdasarkan dan sesuai dengan standar mutu dan SOP yang telah ditetapkan. Dengan sistem penjaminan mutu yang telah dijalankan selama ini, secara periodik diperoleh umpan balik yang selanjutnya dilakukan tindaklanjut. Semua sistem ini terdokumentasi dan didukung dalam dokumen yang lengkap. Implementasi dan pelaksanaan sistem ini, antara lain dengan adanya, kelompok dosen yang menilai mutu soal ujian, silabus, dan tugas akhir.
Penjaminan mutu dilaksanakan secara berjenjang yaitu pada Universitas melalui Lembaga Pembelajaran, Pengembangan dan Penjaminan Mutu (LP3M), di tingkat Fakultas disebut Gugus Penjamin Mutu (GPM) dan di tingkat Prodi disebut Unit Jaminan Mutu (UJM). Penjaminan mutu dilakukan sebagai bagian dari suatu proses kegiatan yang meliputi penilaian terhadap standar pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat.
Tugas pokok LP3M Unimal diperkuat melalui fungsi monitoring dan evaluasi di dalam pelaksanaan audit mutu akademik internal di prodi, melaksanakan pengkajian, pengukuran dan evaluasi mutu pendidikan, sehingga terwujudnya pendidikan yang terstandar, produktif, kreatif, inovatif, dan profesional serta mampu melaksanakan penjaminan mutu pendidikan sesuai dengan kebijakan nasional. Struktur organisasi LP3M Unimal terdiri dari 1 orang ketua, dan satu orang sekretaris, dan didukung oleh staf bagian umum, data dan informasi, dalam pembagian tugas operasional LP3M di lengkapi oleh beberapa pusat diantaranya kepala pusat kajian mutu pendidikan, kepala pusat pemberdayaan dan pelatihan. kepala pusat kajian mutu pendidikan didukung oleh seksi audit internal dan seksi monev internal.
Dalam pembelajaran, materi kuliah, kompetensi mata kuliah dan pokok bahasannya, sumber kepustakaan yang digunakan ditentukan oleh dosen kelompok keahlian. Dosen kelompok keahlian diharuskan membuat Rencana Pembelajaran Semester (RPS). Unit Pengendalian Mutu bertanggungjawab untuk memeriksa dan mengevalusi semua RPS tersebut. Unit jaminan mutu juga mengevaluasi program studi untuk menyiapkan daftar hadir dosen dan mahasiswa.
Evaluasi kehadiran dosen dalam perkuliahan dilakukan secara berkala oleh Unit jaminan mutu dengan berkoordinasi dengan program studi.Penentuan team teaching didasarkan kepada kompetensi yang dimiliki oleh dosen yang dilihat dari fungsional dan pengalaman mengajarnya. Hasil belajar dinilai melalui pemberian tugas, kuis, ujian tengah semester dan ujian akhir semester. Penyusunan materi kuliah oleh dosen harus didasarkan pada visi, misi, tujuan dan kompetensi lulusan program studi.